Cercetările din Cetate s-au concentrat în Secţiunea I – magistrală – perpendiculară pe zidul de incintă; lungimea totală a Secţiunii I este de 32 m. În vecinătatea zidului de incintă (carourile 6 – 7) săpătura a coborât până la - 2,40 – 2,60 m faţă de nivelul actual de călcare, adâncime la care au început să apară fragmente ceramice aparţinând ultimului nivel romano-bizantin. Materialul bizantin, databil în pr...ima jumătate a secolului al XI-lea, este reprezentat prin fragmente ceramice de vase borcan, izolate, şi un follis anonim de la împăratul Mihail IV (1034 - 1041). În campania din anul 1997, în caroul 8, la – 0,10 m faţă de nivelul de călcare actual, au fost surprinse câteva tronsoane de zid din piatră legată cu mortar, ce aparţineau unui edificiu pentru a cărui dezvelire a fost necesară, în anul 1999, trasarea unei casete (caseta 1): în suprafaţa deschisă a apărut o altă construcţie, din pietre legate cu pământ, adosată parţial la edificiul construit cu mortar. Clădirea realizată din zidărie de piatră legată cu pământ poate fi datată în prima jumătate a secolului al XIII-lea, perioadă în care se pare că primul edificiu a fost demantelat parţial. Deocamdată, din acesta, pe lângă zidurile deja amintite, au mai fost surprinse câteva trepte amenajate din bucăţi de cărămidă şi mortar, având dimensiunile: L = 2,04 m; l = 0,35–0,40 m; h = 0,30–0,35 m. Un alt complex a fost surprins în carourile 10 –11, unde, între - 0,40m – 1 m, în umplutura unei locuinţe cercetată parţial, au fost găsite mai multe obiecte din os – câteva mânere, un împungător – care, prin numărul lor destul de mare, sugerează existenţa unui atelier de prelucrare a osului. Datarea complexului în secolul al XIII-lea este asigurată de fragmente de ceramică smălţuită şi comună. În caroul 12 a fost dezvelit parţial un cuptor din piatră, databil tot în secolul al XIII-lea, instalaţie de foc întâlnită frecvent în locuinţele de la Isaccea. O ultimă menţiune se cuvine a fi făcută despre locuinţa din caroul 13, a cărei podea din lut bătătorit a fost identificată la - 0,89 m faţă de nivelul actual de călcare; pe latura de sud, într-un strat de cenuşă gros, de 0,20 – 030 m, a fost găsit un ulcior amforoidal spart pe loc în timpul incendiului care a distrus locuinţa. Pentru dezvelirea acestui complex a fost trasată o casetă (caseta 2) cu dimensiunile de 3 x 4 m. De la adâncimea de 0,50 m a fost surprinsă umplutura ei, cu multă cenuşă, cărbune şi bucăţi de chirpic: locuinţa, cu laturile de 2 x 3,50 m, a fost cercetată aproape în întregime, cu excepţia colţului de sud-est; nu a fost identificată nici o instalaţie de foc. În jumătatea estică, pe o platformă - după cum par să indice două scânduri incendiate - s-au găsit patru vase culcate: două amfore şi două ulcioare amforoidale. Pe baza materialului numismatic şi ceramic se poate aprecia că locuinţa a fost distrusă cu ocazia atacului tătarilor din intervalul 1241/1242. Dintre celelalte descoperiri putem semnala o ramă de hârleţ, aversul unei cruci relicvar purtând imaginea lui Hristos, realizată prin incizie, ambele datate în secolul al XIII-lea, precum şi un sigiliu foarte bine păstrat, din secolul al XI-lea.