Începute în anii 1969 - 1970 şi reluate apoi, din 1984, an de an, săpăturile arheologice din acest sector, inclusiv cele din campania anului 2000 au dus la descoperirea, în cea mai mare parte a ei (circa 90%), a marii bazilici episcopale din centrul oraşului roman târziu Histria, ceea ce face ca în campaniile următoare să nu mai fie necesare decât unele sondaje de interes arheologic, dar mai cu seamă arhitecton...ic. Suprapunând sau folosind monumente mai vechi (bazilica din secolele IV - V p. Chr., canalul şi strada de la V, reparată în secolul al IV-lea p. Chr.), marea bazilică episcopală este construită la sfârşitul secolului al V-lea p. Chr. sau la începutul celui următor. Măsurând 60 m în lungime (în care se includ şi anexele de la E) şi 30 m în lăţime (transeptul, care ar fi putut fi adăugat într-o primă subfază a primului nivel de existenţă a bazilicii; celelalte piese ale bazilicii măsoară 20 m în lăţime), bazilica episcopală se compunea dintr-un coridor porticat, un atrium, prevăzut cu două anexe la N şi la S, precum şi cu un portic în centru, nartex-ul, naos-ul trinavat, transeptul în mijlocul căruia este amplasat un podium mai înalt (bema) şi absida, flancată la N şi la S de două anexe. La o dată ce trebuie căutată în a doua jumătate a secolului al VI-lea (poate după distrugătorul raid cutriguric din anul 559), bazilica este parţial refăcută (pereţii ornamentaţi cu tencuială pictată, înălţarea podiumului din transept, amplificarea anexelor care flancau absida). Descoperirea unor piese din decoraţia de marmură a bazilicii care nu sunt terminate lasă deschisă posibilitatea ca unei prime distrugeri, de postulat în jurul anilor 586 / 587 (când se va fi încercat recondiţionarea unor piese), să fi urmat o alta, de căutat, judecând cel puţin după materialul numismatic, după anii 592 / 593. Următoarele (şi ultimele) două niveluri ne prezintă o cetate în plin proces de ruralizare, bazilica încetând să funcţioneze ca monument de cult (doar anumite încăperi ale acesteia continuă să fie locuite) pentru ca ulterior, la momentul ultimului nivel, ea să fie suprapusă de bordeie sau de locuinţe cu ziduri fără fundaţii aparţinând ultimilor locuitori din cetatea de pe malul lacului Sinoe.