Săpăturile arheologice au urmărit două aspecte. Pe de o parte, finalizarea cercetării interiorului bazilical, în scopul evidenţierii tuturor elementelor constructive şi a mărturiilor păstrate din antichitate, în vederea întocmirii proiectului de restaurare a ansamblului arhitectonic. În acest sens, s-a urmărit verificarea datelor obţinute în campaniile din anii: 1971, 1975, 1984-1985, actualizarea şi completare...a acestora cu noi elemente tehnice şi ştiinţifice. Pe de altă parte, s-a urmărit obţinerea unor informaţii ştiinţifice asupra zonei în care a fost amplasat în antichitate ansamblul bazilical. În funcţie de cele două aspecte, săpăturile arheologice s-au desfăşurat în două sectoare: sectorul I - interior bazilică; sectorul II - exterior SE. În sectorul I, cercetările efectuate în colţul de SE al bazilicii, mai bine păstrat, au evidenţiat, în acest punct, existenţa a cinci faze constructive, corespunzătoare a două etape de locuire. Primei etape îi aparţin resturi de temelii legate cu pământ peste care s-a ridicat o construcţie uşoară pe temelie superficială. Cea de-a doua etapă începe cu construirea bazilicii, prin amenajarea spaţiului interior şi cunoaşte două intervenţii ulterioare: prima, legată de construirea nartex-ului, prin adosarea unor ziduri, în aceeaşi manieră constructivă, în prelungirea laturilor bazilicii; următoarea, legată de dezafectarea nartex-ului, prin renunţarea la linia de faţadă, amplificarea şi reamenajarea spaţiului destinat atrium-ului. Din punct de vedere cronologic, aceste intervenţii au avut loc în cursul secolului al V-lea p.Chr. Descoperirea unui fragment de capitel ionic şi reconsiderarea dimensiunilor interspaţiilor din interiorul bazilicii au impus ipoteza construirii edificiului pe baza piciorului bizantin (=0,32 m), cu pilaştri angajaţi în lungul pereţilor laterali, în vederea susţinerii unor arcade transversale. Aceste elemente noi ne îndeamnă să considerăm că edificiul de la Niculiţel deschide seria provincială a bazilicilor "greceşti" cu nartex deschis spre nava centrală, separată de navele laterale prin stilobaţi continui şi cu presbyterium îngrădit sub forma unui sanctuar dreptunghiular. În sectorul II, cercetarea arheologică din vecinătatea de E-SE a bazilicii evidenţiază aceleaşi etape de locuire constatate în interiorul acesteia. Zona a fost locuită la începutul epocii romane târzii şi săpăturile au relevat resturile unor construcţii pe temelii de piatră legată cu pământ, având aceeaşi orientare cu cele distruse de amplasamentul bazilicii. Cele 4 monede descoperite sunt din perioada cuprinsă între anii 330-354 p.Chr., aşadar din perioada anterioară construirii bazilicii, resturile aşezării fiind în relaţie posibilă cu prezenţa primului mormânt martiric. Din păcate, nu am putut stabili momentul încetării acestei locuiri, cu toate că s-a putut constata o distrugere totală şi sistematică a nivelului de locuire roman. Aşezarea medievală din secolul X a suprapus straturile antice numai în partea vestică a zonei cercetate, în care s-au descoperit resturile unor locuinţe îngropate. Aşezarea medievală nu are legătură cu distrugerea aşezării romane, care a fost părăsită şi demolată într-un moment anterior, dar se poate afirma că în sec. X bazilica se afla în ruină, întrucât în colţul de NV al navei laterale, locuitorii aşezării au construit o locuinţă îngropată.