Biserica Episcopală, ctitorie a domnitorului Petru Rareş, a cunoscut în decursul istoriei sale, mai multe intervenţii, impuse fie de acţiunea timpului asupra zidurilor, fie din pricina unor cataclisme naturale, ca de pildă cele câteva cutremure de mare intensitate, care au impus efectuarea unor consolidări sau reparaţii. Nici una din ele nu a avut ca intenţii cunoaşterea istoriei locului pe care s-a construit b...iserica şi, mai mult, nu a încercat să răspundă la întrebarea: unde a fost vechea biserică ridicată de Roman I Muşat şi Alexandru cel Bun. Cele două campanii arheologice anterioare de la Episcopie au vizat zona de S a bisericii, respectiv spaţiul dintre Catedrală şi Casa Veniamin Costachi, iar în 2003 investigaţiile au avut ca obiectiv cercetarea părţii de N a bisericii, respectiv spaţiul dintre Catedrală şi turnul de la intrare. Săpăturile din acest an au constat din trasarea a două secţiuni, notate cu S I şi S II şi două casete I şi II, cu misiunea de a investiga raportul cronologic dintre biserica actuală şi unele construcţii anterioare, de a surprinde existenţa vechiului cimitir, şi a unor eventuale construcţii civile sau religioase. S I (7 x 1,5 – 2 m) a fost trasat iniţial ca o casetă în zona dintre primul contrafort şi absida laterală. S-a descoperit o porţiune din temelia unei construcţii mai vechi decât actuala biserică, care presupunem că reprezentă construcţia ridicată de Roman I Muşat şi Alexandru cel Bun. Piatra folosită, mortarul dar şi sistemul de zidire, sunt diferite faţă de cele existente la zidul bisericii lui Petru Rareş, ceea ce ne demonstrează că avem de a face cu o descoperire de excepţie, înlăturând lacuna de cercetare care a existat până acum. Trebuie să remarcăm faptul că actuala biserică, ceva mai mică decât cea veche, a fost ridicată pe vechea temelie, care apare acum ieşită în afară, la fel cu cele două contraforturi care flanchează absida laterală. Caseta I a fost trasată în partea de V a celui de al doilea contrafort şi caseta II în partea de E. Prin săparea lor s-au observat diferenţele dintre temelia veche şi cea nouă, a bisericii lui Roman Muşat. În secţiunea II au fost descoperite 17 morminte de inhumaţie, din care trei aparţin secolului al XV-lea. Pe lângă aceste morminte au mai fost descoperite 12 complexe sepulcrale în secţiunea I, patru morminte în caseta I şi alte şapte complexe de acelaşi fel în caseta II. În partea de N, începând de la cca. 20 m distanţă faţă de biserică, s-au descoperit urmele unor construcţii din secolele XVII şi XVIII.