În anii 1996 - 1997 lucrările arheologice de la Orheiul Vechi s-au desfăşurat sub auspiciile Universităţii Libere Internaţionale şi a Centrului de Cercetări Arheologice din Republica Moldova, în colaborare cu Universitatea de Stat din R. Moldova, Universitatea Pedagogică "Ion Creangă" şi Institutul Român de Tracologie (Gh. Postică, I. Hâncu, S. Musteaţă, O. Munteanu, G. Bodarău). Cercetările arheologice au fo...st concentrate în trei sectoare de bază: I. Sectorul Lunca Răutului - Mănăstirea Peştere II. Sectorul Cetate - Zidul de Vest III. Sectorul Cetate - Zidul de Est. Concomitent, în partea centrală şi de est a complexului au fost efectuate câteva sondaje de salvare sau de control. I. În Sectorul Lunca Răutului - Mănăstirea Peştere (552 m.p.) au fost descoperite urme ale aşezărilor din epoca bronzului, epoca fierului timpuriu (cultura Chişinău-Corlăţeni, sec. XII-X a. Chr.), din perioada Latene-ului târziu (cultura Poieneşti-Lukaşeva, sec. II-I a. Chr.), perioada medievală timpurie, sec. V-IX, sec. X-XIII, perioada oraşului oriental Şehr al-Jedid (sec. XIV) şi perioada oraşului medieval moldovenesc Orhei (sec. XV-XVI). Mai reprezentative sau dovedit a fi vestigiile culturii Poieneşti-Lukaşeva: o locuinţă de suprafaţă, 2 locuinţe adâncite, 6 gropi de provizii, cca. trei mii de fragmente de ceramică (fină de culoare neagră; grosieră cu suprafaţa netedă sau barbotinată), diferite obiecte din lut, os, etc.; culturii medievale din sec. XIV: o groapă cu trei schelete umane, 1 groapă menajeră, 5 monede orientale din sec. XIV, ceramică de tipul Hoardei de Aur, etc. şi culturii medievale din sec. XV-XVI: o groapă menajeră, ceramică, diferite piese de inventar. Celelalte orizonturi culturale în sectorul dat, sunt reprezentate prin descoperiri sporadice de ceramică. Dintre acestea, un interes special îl reprezintă un fragment de ceramică lucrat cu mâna din sec. V-VII ornamentat cu cruce incizată. II. În Sectorul Cetate - Zidul de Vest (152 m.p.) au fost descoperite vestigii autohtone din perioada premongolă sec. XII-XIV (şanţul de vest al cetăţuiei din pământ şi ceramică lucrată la roată cu ornament incizat), din perioada oraşului Şehr al-Jedid, sec. XIV (fundaţia de vest a cetăţii din piatră, un cuptor masiv de ars var, două gropi gospodăreşti, un mormânt de înhumaţie, 3 monede orientale din sec. XIV, ceramică a Hoardei de Aur, piese de inventar) şi din perioada oraşului Orhei, sec. XV-XVI (ceramică cenuşie şi roşie). III. În Sectorul Cetate - Zidul de Est (104 m.p.) au fost descoperite vestigii din perioada oraşului mongol, sec. XIV (fundaţia de est a cetăţii de piatră, un cuptor de ars var, ceramică) şi din perioada oraşului moldovenesc, sec. XV-XVI (45 morminte, valul de pământ nr.3, ceramică cenuşie şi roşie). În Sectoarele Cetate - Vest şi Est a fost obţinută o situaţie stratigrafică perfectă cu probe foarte clare, care aduc o lumină nouă în problema datării celor două cetăţi medievale de la Orheiul Vechi. Observaţiile stratigrafice au arătat foarte clar că fundaţia cetăţii de piatră şi elevaţia acestei fortificaţii, fac parte din orizontul cultural al Hoardei de Aur din sec. XIV. În acelaşi timp, săpăturile arheologice au demonstrat că şanţurile cetăţuiei de pământ au fost astupate cu resturi de construcţie (piatră, mortar, lut ars) şi ceramică din perioada Hoardei de Aur. Pe de altă parte, a fost stabilit, că una din gropile de ars var din perioada Hoardei de Aur a suprapus parţial marginea de est a şanţului cetăţuiei de pământ, fapt ce ne permite să datăm faza finală a acestei fortificaţii la mijlocul sec. XIV. Cercetările arheologice din sectoarele menţionate infirmă cu probe concludente opinia tradiţională, conform căreia, cetatea de pământ şi cetatea de piatră de la Orheiul Vechi au fost ridicate de domnitorii moldoveni Alexandru cel Bun şi Ştefan cel Mare. În baza datelor obţinute putem conchide că, cetăţuia de pământ aparţine aşezării autohtone de la Orhei, din sec. XII - prima jumătate a sec. XIV iar cetatea din piatră a fost construită de mongoli, la mijlocul sec. XIV şi reutilizată mai târziu, de către autohtoni, în perioada sec. XV-XVI. În cadrul sondajului de salvare din partea centrală a complexului Orheiul Vechi au fost descoperite 3 morminte medievale, datate, preliminar, în sec. X-XIII, în baza unui ciob de ceramică cu incizii orizontale. La marginea de răsărit a oraşului Orheiul Vechi, în lunca Răutului, în cadrul unor sondaje de control, au fost înregistrate vestigii geto-dacice din sec. IV-III a. Chr., medievale din sec. V-IX şi X-XIII, din sec. XIV şi din sec. XV-XVI: