În anul 1999 au fost continuate cercetările arheologice la Biserica Azilului şi a fost sondat terenul aparţinând unor clădiri propuse pentru restaurare. Fondurile finaciare insuficiente nu au permis extinderea şi finalizarea cercetărilor începute. În schimb, în faza de execuţie a restaurării vechiului teatru (Sala Thalia) au fost alocate fonduri care au condus la studierea unor detalii (canalele din subsolul... turnului medieval-Turnul Gros-, culuarul semicircular) şi raportul între acestea şi şanţul de apărare. Fundaţia din pietre de râu a turnului de artilerie a fost turnată într-un masiv strat de nisp. Exteriorul şi încăperile adosate la sud de Biserica Aziului au fost cercetate prin două casete care au adus informaţii noi sau au clarificat probleme puse de investigaţiile anterioare: 1.intrarea în biserica transformată masiv în secolul al XVIII-lea a fost protejată de un pridvor din care au fost surprinse urmele stâlpilor de susţinere a acoperişului şi pavajul din cărămizi. Moneda datată 1812 marchează momentul demolării pridvorului; 2. în etapa anterioară restaurării moderne, pereţii exteriori ai bisericii au fost zugrăviţi, urmele de tencuială recuperate păstrând ornamente geometrice; 3. caseta exterioară a scos la lumină urmele a trei contraforturi suprapuse; contarfortul inferior este adosat zidului corului şi ţine de un prim nivel de refacere a bisericii; 4. corpul de încăperi de la nord de biserică se întindea până la nivelul contrafortului, incluzând camerele adosate corului 5. nivelul de înmormântare a cuprins resturile a patru schelete de copii, unul suprapunându-se unui adult. În cel mai vechi strat de înmormântare a apărut un schelet cu mâinile pe lângă corp, craniul ridicat faţă de nivelul corpului, depus într-o groapă îngustă; 6. talpa fundaţiei bisericii a fost aşezată pe un strat de pământ ce conţine urme de lemn ars şi fragmente din vase de lut cu pereţii groşi; 7.încăperea de la sud- vest de biserică a fost adosată navei, perioada de funcţionare fiind marcată de forme ceramice medievale. Din cauza apei ce a inundat caseta, săpătura arheologică din încăperile de la sud de biserică nu a fost finalizată. În secţiunea arheologică practicată la sud de Biserica Azilului au apărut structuri de zidărie care ilustrează raporturi între amenajările medievale din zonă: 1. încăperile adosate Bisericii Azilului au suprapus trepte masive din piatră care făceau legătura între construcţiile de pe terasa de sus(casa parohială) şi spitalul oraşului; 2.zidul ce mărgineşte curtea casei parohiale suprapune pietrele de pavaj ale unui drum, el neputându-se confunda cu un presupus zid de apărare al construcţiilor de pe terasa de sus ("incinta I" ?.?!) Zidul menţionat a avut aceeaşi funcţiune cu zidurile dezvelite în grădina casei cu numărul 22 din Piaţa Mică: să susţină pământul adus pentru nivelarea zonei de la marginea terasei, formându-se astfel spaţiul unor grădini de odihnă. Grădina casei din Piaţa Mică, numărul 22, a fost lăţită în secolul al XVIII-lea. Amenajarea grădinii anterioare şi a casei de pe terasa superioară poate fi plasată cronologic în măsura determinării monedei ce a apărut în stratul de pământ galben, nivelator al terenului. Zidul din piatră al clădirii- de care se adosează încăperile pivniţei- a intersectat un val din pământ care, la rândul lui, a suprapus un nivel compact de arsură. Situaţia stratigrafică aduce în discuţie primele amenajări ale aşezării de colonişti, realitate ce face obligatorie continuarea săpături arheologice, de altfel bogată în materiale ceramice medievale fragmentare şi întregibile Deşi s-a discutat mult de restaurarea clădirii din Piaţa Mică, numărul 16, cu greutate am găsit fonduri pentru practicarea unei singure caseta în spaţiul comercial al monumentului istoric. Caseta a permis identificarea a două straturi de arsură: cel inferior, anterior construcţiei din material durabil şi unul superior ce ilustrează momentul dezafectării spaţiului comercial. Fundaţia spaţiul comercial a fost întregită de un zid din cărămizi, a cărui talpă a coborât la 1,85 faţă de nivelul actual de călcare. Spaţiul comercial a fost adosat faţadei clădirii. Momentul amenajării poate fi precizat după determinarea unei monede descoperite în săpătura arheologică.